小門嶼是西嶼北端的附屬小島，面積僅約 0.22 平方公里，透過全長 168 公尺的小門橋與西嶼相連。整座島由玄武岩構成，四周海岸線受到數萬年波浪侵蝕，形成澎湖群島中密度最高、保存最完整的海蝕地形群。這裡不是純粹的沙灘度假地點，吸引的訪客以對地質與攝影有興趣的旅人為主，同時也適合帶小孩來結合地質館參觀的知識型半日遊。冬季東北季風期間，水柱從鯨魚洞噴出的畫面更是成為澎湖冬季攝影的代表性場景之一。
看點
鯨魚洞位於島嶼北側海崖底部，屬海蝕洞地形。玄武岩岩壁長年受大浪貫穿侵蝕，形成一個拱形通道；從特定角度俯瞰，洞口輪廓神似浮出水面的抹香鯨，名字因此而來。一般季節可從步道俯視洞穴內部的海水湧動，但最令人印象深刻的時機是冬季東北季風盛行時（10 月至翌年 3 月）：湧浪從開放海域打入洞口，被封閉空間的氣壓彈射出來，水柱可以噴高數公尺，配合斜光是絕佳的攝影題材。
沿鯨魚洞旁的步道繼續往北側海崖延伸，可以看到近乎教科書等級的柱狀節理截面。六角形至五角形的玄武岩柱體垂直排列，柱身直徑約 10–30 公分不等，是岩漿於海底緩慢冷卻收縮留下的幾何結果。退潮時低潮位會露出寬闊的海蝕平台，平台上佈滿大小潮池，石蟳、海葵、陽燧足等生物密度不低，是在地質以外多一層觀察維度的機會。
橋頭旁的小門地質館以圖解展板與岩石標本展示澎湖火山地質史，從 1800 萬年前的海底玄武岩噴發，一路講到現在持續進行中的海蝕地形演化。館內設計淺顯，適合帶小朋友入館打底，再走到戶外地形對照實體，兩者合計約需 1.5 至 2 小時。
交通與周邊
抵達小門嶼最直接的大眾運輸方式，是在**小門鯨魚洞站（PEN299523）下車，步行約 5 分鐘即抵達鯨魚洞入口。往西嶼方向的公車均有停靠此站，班次可在澎湖轉運站首頁的即時動態面板確認。另一個選項是在小門牌樓站（PEN299522 或 PEN299524）**下車，步行距離約 0.7 公里，方向是從橋頭往北穿越整座小島，適合想先進地質館、再慢慢走到鯨魚洞的旅客。
自行開車或騎機車的旅客，停車場位於小門橋東側的廣場，空間有限，夏季旺季與花火節期間假日上午 10:00 前抵達較有把握找到位子。
西嶼西側的景點串連建議順序：小門嶼鯨魚洞 → 二崁聚落（車程約 12 分鐘，澎湖唯一列冊保存的傳統聚落，陳家古厝建築群保留完整，聚落入口有傳統漢方草藥攤） → 西嶼西台（清代砲台遺址，車程再 10 分鐘，制高點可俯瞰澎湖水道） → 漁翁島燈塔（西嶼最西端，建於 1875 年，澎湖現存最古老燈塔之一）。走完整段路線約需半天，全程以機車或汽車代步最為彈性。