澎湖水族館位於白沙鎮岐頭，是認識澎湖海洋生態與海洋保育的最直接窗口。館內展示澎湖及臺灣海域常見的魚類、甲殼類、貝類等海洋生物，以及活珊瑚生態缸，讓遊客透過室內展覽理解澎湖獨特的海灣環境與海洋資源。特別適合親子遊客、學校教育活動、以及在澎湖刮東北季風或天氣惡劣時尋找室內活動的旅客。作為澎湖少數專業海洋主題博物館，水族館扮演著科普與保育推廣的角色。
看點
水族館的展示空間分為數個主題區域。「澎湖海域生物廳」展示澎湖周邊常見的食用魚類，如石斑、鱸魚、四破魚、白毛、馬頭等，每個物種都標注了學名、特徵與當地漁業知識，讓訪客理解這些魚類如何與澎湖漁業文化相連結。
「珊瑚與無脊椎動物區」是館內最值得駐足的空間。澎湖海域的珊瑚礁生態在臺灣具有重要保護價值，館內維持著活珊瑚展示缸，展示石珊瑚、軟珊瑚及伴生的小魚蝦貝類，讓遊客親眼看到澎湖海洋保育的具體樣貌。
「觸摸池」區域安排遊客可以近距離接觸海星、海膽、活的淺灘小魚等，尤其適合兒童建立與海洋生物的感官連結。這區通常配有專職人員解說，可詢問澎湖特有海洋物種的生活習性。
館內另設有「澎湖漁業發展展區」，陳列傳統漁具、魚乾製法文物與捕魚技術演變史，提醒遊客澎湖與海洋的關係不止於觀光，更是祖先生存與世代經濟的基礎。
交通與周邊
澎湖水族館位於白沙鎮岐頭遊客中心周邊，是澎湖西北沿岸景點的集散地。從馬公市區搭公車往白沙方向，在 岐頭外站 或 岐頭遊客中心 下車，步行約 8–10 分鐘可達；車程約 20–30 分鐘。自行開車可直達館前停車場，相當便利。
岐頭地區緊鄰澎湖灣觀光遊憩區。步行 5–15 分鐘範圍內還有岐頭遊客中心（可取得澎湖旅遊摺頁）、澎湖灣景區（眺望點與潮間帶）、山水沙灘（細白沙灘，適合下午遊玩）等景點，可串連成半日遊行程。館內備有洗手間、飲用水與簡餐飲料販售區，建議預留 1.5–2 小時以輕鬆遊覽。